在日益发展的电子时代，电脑学者开始根据人工生命程序进行模拟假想生命体的实验，在这过程中，电脑的数据空间出现了新的类似生命体的东西，人们管这些生物叫做“数码宝贝”。
这些数码宝贝就在数据世界中诞生并生活，人们根据电脑中这些数码宝贝的作为把它们分为专门破坏数据的邪恶数码宝贝和专门保护数据的善良数码宝贝，并把这些作为游戏素材制作成了小孩子也可以玩的一种卡片游戏，而游戏的主人公们正是喜欢玩这种卡片游戏的孩子，而且对孩子们来说可以见到真正的数码宝贝是一件很幸运的事情。
然而意想不到的事情发生了， 孩子们在现实中玩数码宝贝卡片游戏的时候， 得知了在数码世界中的某处正在发生真正的数码宝贝战斗的事情，而且一直被认为只在电脑网络中出现的数码宝贝竟然活生生出现在现实世界中。
人们对于这种状况感到惊慌，主人公们也有些紧张，不过借助他们丰富的数码宝贝知识，孩子们很快与出现在现实世界中的数码宝贝成为了伙伴并生活在了一起。这些与善良数码宝贝心意相通的孩子们，人们称之为数码宝贝驯兽师。这些驯兽师能与数码宝贝心意相通，也能更加彻底地挖掘出数码宝贝潜在的能力。
可是，谁也不知道到底是哪里出错了，数码世界和现实世界的区别变得越来越模糊，奇怪的事情也越来越频繁的发生。特别是，邪恶属性的数码宝贝不仅攻击在数码世界中的善良数码宝贝，也开始出现在现实世界并攻击人类！现在无论是现实世界还是数码世界都陷入了混乱，而唯一能让世界恢复正常的只有这些能和数码宝贝心意相通的拥有正义之心的驯兽师。
现在， 善良的伙伴数码宝贝们正在向作为数码宝贝驯兽师的“你”和喜欢数码宝贝的其他朋友们寻求帮助。准备好了吗？现在就开始为了维护世界的和平而战吧！
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